Вологда ушул шаарды Сухона жана Шексна дарыяларынын бассейндери аркылуу Архангельск менен байланыштырган байыркы суу жолу болгон ошол эле аталыштагы дарыянын оң жээгинде жайгашкан.
Тарыхый булактарда биринчи жолу шаар XII кылымда эскерилген. 15 -кылымда Вологда Великий Новгород тарабынан башкарылган. 1462 -жылдан тартып жыйырма жыл бою Вологда аппанаж княздыгынын борбору болгон, бирок 1481 -жылдан тартып Москва княздыгынын бийлигине өткөн, анын башкаруучусу ошол кезде Иван III болгон.
1565 -жылы Иван Грозный Вологдага экинчи опричнина резиденциясын түзүүнү чечкен. Ал бул жерге таш Кремль жана чеп кургусу келген. Миңдеген кол өнөрчүлөр менен дыйкандар Вологдага айдалып, курулушту англис инженери Х. Локк жетектеген. Планда Кремль тик бурчтуу болгон. Түндүк тарабында Вологда дарыясы менен корголгон, эки тарабында суусу бар ор казылган. Бирок 1571 -жылы Крым ханынын чабуулу жана Вологдада башталган чума Иван IV Москвага кайтууга аргасыз кылган. Падышанын кетиши менен курулуш иштери токтоду.
Олуттуу чептердин жоктугунан Вологда 1612-жылы поляк-литва армиясынын баскынчылыгынан көп жабыр тарткан. Бирок шаар тез эле калыбына келтирилип, ал тургай мурунку өлчөмүнөн ашып кетти. 17 -кылымдын аягында Вологда шаарынын тарыхый борбору төрт бөлүктөн турган: Шаар, Верхний Посад, Нижний Посад жана Заречье. Бирок, 18 -кылымдын башында Санкт -Петербургдун негизделишинен жана Балтика деңизиндеги соода -сатыктын өнүгүшүнөн улам Вологданын экономикалык абалы бир аз солгундап кеткен.
1708 -жылы Вологда Архангельск облусуна кошулган. Бирок буга чейин 1719 -жылы шаар Вологда провинциясынын борбору болуп калган, ал эми 1796 -жылы - 1929 -жылга чейин жашаган Вологда губерниясынын борбору болгон.
19 -кылымда шаар интеллигенциянын көптөгөн өкүлдөрү үчүн саясий сүргүнгө айланган. 1918 -жылы Вологда 5 ай бою Россиянын "дипломатиялык борборунун" ролун ойногон. Брест Тынчтык келишими түзүлгөндөн кийин, 11 ири мамлекеттин элчиликтери жана миссиялары убактылуу бул жакка көчүшкөн, тактап айтканда: АКШ, Улуу Британия, Франция, Япония, Кытай, Бразилия ж.
Азыр Вологда - орусиялыктар жана чет элдик туристтер барган популярдуу туристтик борбор.
